鶏・五業で集めておくべきメダルはありますか？

とりあえず、鶏が落とす●「さえないトリからのお年玉」(いっせきにちょう)はイベント限定で、使用機会も考えられなくはないです。たぶん7枚固定ドロップなので周回報酬を回収してるうちに100枚集まります。

それ以外は微妙で、余裕や暇があれば五業といった感じ。
　鐘の方が落とすメダルは（去年のファンミ開催毎の記念周回イベなどと似たような仕様で）、下記の　ドロップ率60～40%帯のメダルがもう少しで100枚揃いそうな場合であれば効率良いと思います。
●100%ドロップ「見習い○○」シリーズ(剣士,狩人,魔術師,祈祷師,騎士)5種…各1枚ずつ落ちますが、シナリオやイベこなしていると自ずと100枚集まるはず。
●60～40%くらい「クリミナルスウィフト」「ハイスカウト」「マジカルカデット」「ビギナークレリック」「バレットキーパー」…上級者やハンタークエをこなしている人は100枚集まっていると思います。
●30～20%くらい「アサシンシュラウド」「モルトスパーダ」「ピアッシングオウル」…他のメダルも落ちる分で常設よりお得な感じがしますが100枚収集となると厳しく、常設で集めた方が楽。
●10～5%くらい「マーベルワーク」など?…今となってはソロ余裕なので普通にハンタークエで狩った方が早いいです。

五業（●「ソードブレイカー」「ヘイトキーパー」「ファルコン」「クリティカラー」「シュラインズノヴァ」）前述の鐘が落とすメダルと同様、特に使う事はなくキャラアビ目的のメダルになると思います。
ドロップ率は普段と大差なく再入場がネックとなりますが、纏めて狩れる上に、アクセや防具のドロップも狙えるので、　その辺が揃っていない人ほど時限や周回報酬分以上を周回する旨味があると思います(勿論、優先度は他のイベやクエの後になりますが)。

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どのクエストも結局ルームに入り直す時間が掛かりすぎるので普通に1枚ずつ集める方が早いですね。
闇火力しかできない人は鶏クエでマーベルワークのメダルを集めるのもありかもしれません。