剣と魔法のログレス いにしえの女神の回答詳細

(1)
必殺スキルの名前が同じであれば、合成素材は高級以下のものであっても大丈夫です。
例：至高スカルワンド（シャドウマイン）→高級スカルワンド（シャドウマイン）がスキルレベル上げ素材に使える。
一方、究極の場合は必殺スキル名が至高以下とは異なるため、通常の至高以下のものは素材にしてもスキルレベルは上がりません。
例：究極スカルワンド（ダークマイン）→高級スカルワンド（シャドウマイン）は必殺スキル名が異なるため、スキルレベル上げ素材には使えない。
ただし、至高のものであっても、武器名の最後に「改」とつくものは究極のものと同じ必殺スキル名になっていますので、究極武器に合成させるとスキルレベルが上がります。
例：究極スカルワンド（ダークマイン）→至高スカルワンド改（ダークマイン）はスキルレベル上げの素材として使える。

(2)
高級・至高にかかわらず、スキル名・スキルレベル共に同じであれば効果に違いはないはずです。
ただし、究極武器のスキルと比較した場合は話が変わってきます。正確なところは分からないのですが、概ね
「究極スキルLv1≒至高以下スキルLv4程度」
と言われているようです（間違っていたらすみません）。これについては実際に同じスキルの究極と至高以下を用意し、それぞれのレベルごとにダメージ量を計測してみるしかないかと思います。