武器レベルについて

1.ダメージを与える系のスキルならダメージ量が増加。
　攻撃UPなどの補助系のスキルならUP量が増加。
　ヒールなどの回復系のスキルなら回復量が増加。

2.同武器、Lv30/スキルLv1、Lv25/スキルLv2だと多分同じくらい。
　ダメージの上限、下限の差が大きいゲームなので、このくらいの僅差だと同じくらいとしか言えない。
　同武器、同レベルならスキルレベルの高い方が強い。
　異なる武器で、同レベルだったとしたら、その武器（スキル）による。

ついでに
■なかなか同じスキルが手に入らないので武器のレベルだけを上げてしまっていいのか
　必要な武器であれば、武器のレベルだけ上げちゃって構いません。
　レベルMaxになった後でもスキルレベル上げは可能。

１．武器レベルの強化は物攻防、魔攻防など、キャラの能力全体が強化。
武器スキルアップはその武器（のみ）の攻撃力や回復量アップです。
よって攻撃や回復のメイン武器はスキルを上げるととても有効ですが、ステータスアップ目的に装備している武器のスキル上げはあまり意味がないと思います。（あまり、というのは凸落ちした場合、武器はランダムに使用されます。強くて無駄ではありません。）
２．武器Lv、スキルLvを単体で比較してもダメージ比較出来ません。例として、物攻1000の人の武器Lvを上げて1200になる場合とスキルLv1→2では、前者のダメージが多いと思われますが、物攻4000の人の武器Lv上げで4200とスキルLv1→2では、後者が強そうです。検証は難しいですが、仕様的に総合的に強くなればなるほどスキルの比率が高くなるはずです。先を見据えるとなるべくスキルレベルを上げた方が良さそうです。

同じスキルを目指す場合、ある程度狙ってトレジャーや試練に挑戦された方が良いかと思います。例：リミブレ系：メタマンなどの試練、ファイターアクセ：アサシンウルフか真アサなど。

迷うくらいならレベルを上げましょう。高級でも40までは簡単に上がります。
50以上は長く使う（主武器又は補助）装備に限定した方が良さそうです。