どうすればいいですか？

ノポドラポイントは現状それらの周回やデイリー以外では入手不可能です。メンテ待ちましょう。
石集めについてはシナリオ、イベント、ハンタークエストの中で入手簡単なやつをやればいいと思います。特に無課金で集められる石には限度があるのでイベントの石はできる限り回収することをオススメします。他のはいつでも取れるので後回しでも。
また、1部のハンタークエスト(シルバーキングの魔晶石等)は効率悪すぎるので(時給120円以下で楽しみ0のバイトって思えば良いかと)放置してもいいと思います。
長文失礼しました。

石集めはご自身でする分にしては
ログイン石
シナリオ報酬
ハンタークエストで石があるクエ
　面倒なの多いので優先度低いです
3日毎更新される神獣クエスト
月１更新される時間限定の試練クエストと追憶デイリークエスト
勲章集めの月累計　20,000Pしっかり集める
ここまではソロか野良PTで問題なく出来ます。

イベントの高難易度やクランクエスト関係も大量に石をもらえるので
助け合える友達と出会えるか、活発なクランに所属する事が
石集めに一番効率がいいと思いますよ
いろんな事教えてもらえますし

夏専用武器ほしいですよね！
スタンプ報酬しかないので、頑張って更新時に増えるクエストをクリアしましょう！