ダメージの違い

光女神のスキレベの事はもう回答がありますので、他に考えられる理由としては秘技/心得にあるのでは？と思います。
秘技/心得の効果としては、心得Lv4〈秘技Lv1〈心得Lv5〈秘技Lv2となるそうですが、質問者様とフレさんを比べた場合、
心得Lv1の効果を100、スキレベが1上がる事に効果が10％上昇すると仮定。
心得Lv2＝110
心得Lv4＝130
心得Lv5＝140
秘技Lv1＝135（心得Lv4と5の中間の効果として設定）
秘技Lv4＝175.5（秘技Lv1の30％増しとして設定）
聖王は同レベルなので比較対象としない
と、した場合、秘技Lv4を着けている質問者様の効果は175.5、心得Lv2と4を着けているフレさんは合計で250となります。よって、フレさんの方がスキルでの補正で火力が出たのではないかと予想されます。
秘技1つ着けるよりも心得2つ着けた方が効果が高いのではないかと思います。勿論防具･アクセを着けるスロットは限りがあるので同じ数着けるなら単品の効果の高い秘技が上なのですが。
実際には運営から正確な値が公開されている訳ではないので、間違っている可能性はありますが、仮定のお話ということで.....。

究極や至高であっても
同じスキル名であれば、究極や至高に差はありません。
ステータスが究極の方が高いので、総合的に強くなりやすいだけです。
自分の総合ステータスのみ関係します。

他の職のキャラアビとかが関係してるかもしれませんね。
あとはクラウンのスキルレベルが違ってたりしたのではないですか？