凄くどうでも良い事なんですが

もはや上位職とかではなく、別の職業って感じですね！！

考え方によりますね。
質問者様は上位職というのはより1つの武器に特化した｢専門職｣ではないか、使用出来る武器が減る代わりにより強力なスキルが使える職業の方が上位職らしいのではないか、という事でしょうか？
一理ありますが、ゲームによっては上位職が｢下位職に更に装備出来る武器が追加された｣ものであることもありますよね。
どちらも制作サイドが決める事なので｢おかしくね？｣と疑問を立てても運営側としては｢いや、ウチはこうですし｣というだけです。
ちなみに専門職化した上位職はログレスではキツいですね。弓が装備出来ず命中確保出来ないマセ、大剣が装備出来ずEP回収が出来ないルーク.....。ああ、恐ろしい。
色んな武器を組み合わせて自分なりのキャラを作るのがログレスなので、職業事に複数種の装備出来る事は問題ないと思います。

上位というよりは複合職業みたいな感じ

ログレスは上位職＝強いではないゲームですよねw

確かに違和感バリバリです。

特に女神出てからはその差別化が更に曖昧に…‥‥‥……

ルークはファイターたちのあこがれなんだ。
ビショップはプリーストより回復力があって、

なんてことはなく、別のジョブです。違和感しかないですね。
上位職と呼べるのは現状ウォリ、ネクロ、ロードの３つじゃないでしょうか。

う～ん、どちらかというと私はイメージ逆でしょうか？
中世ヨーロッパ的なイメージで、1種類しか武器を持ってない歩兵や重装歩兵がいて、その上に馬上槍や剣を装備する騎士がいる感じなので…

むしろ、ジョブのイメージと実際のステータスとの差の方が気になりますねー。
たとえば、レイピア(突剣)使いより魔法使いの方が回避力高いってすごく違和感が…(^_^;)

いっぱいガチャ回させよーとして
例えば ファイガチャもナイトガチャも回さないかん
ルークを上位ですよーカッコイーですよー

と設定してるんかもですねw

初級ジョブ、中級ジョブ、上級ジョブ、・・・に残しているのかも？
快適さが違うのかな。

運営の認識がちょっとズレてるだけだよ
作った奴の頭がちょっと周りとズレてただけｗｗｗｗｗ

違和感はあるかもしれませんが、

上位職が下位職の上位ではないので、
職のバリエーションがあり、
多種多様なジョブの選択、装備の組み合わせが可能なのは
ログレスの優れた点だと思います。