二本持ちとどちらが良いですか？

究極冥帝に至高冥帝を合成すると専用(通常)スキルレベルが上がります。
するとペルセポネスラッシュで殴った時の闇属性上昇がスキルレベル１だと700ですがスキルレベル2だと900に上がります(たしか)。
効果は30秒だったと思うので重なれば多少は…
ただ２本いらないタイプの女神は究極に至高改を合成しちゃうので(僕は)、至高はスキルレベルアップ確率アップキャンペーンの時まで取っておいて、その時に一気に専用スキルレベルをあげようかな？と思ってます
あと、スキルレベル上げて発動が早くなる(リロードが短くなる)のは、レイヴァルトテインやグーニベルニーグの必殺スキルなど表記のある特定のものだけだと思います。

実用的ではないかも知れませんが、フォーゼとトランスの重ね掛けも面白いですよ。火力がかなり上がります。

なかなか入手しにくい武器なので、とりあえず置いておくのがいいかも知れませんね。

闇ファイですよね？
至高闇女神剣の処置ですが、質問者さんが他にどれぐらい闇ファイ装備を揃えているかによります。
もしメイン枠に入る闇武器が揃っていないかったら、メイン枠に装備してもいいと思います。
メイン枠の闇武器が揃っているなら、保持枠行きです。
補助枠から溢れるようなことがあれば、その時にスキルレベル上げに使えばいいと思います。
スキルレベル上げをするとダメはわすがに上がりますが、それ以上のことはないです。
一応、至高闇女神剣より優先してメインに入れるべき闇武器の例をいくつか挙げておきます。
暴黒の戦斧、負技の刃剣、崩剛鬼刃、カラドボルク（、断朱の刃剣）