ガチャについていくつか質問があります。

回答１：石を貯めている人は初心者の頃から貯めてから回しているという意味でしょうか？それなら人それぞれだと思います。始めたタイミングでも変わると思いますし。
私は初心者の頃は引けるようになったらすぐ引いていましたが、当時は毎週ガチャが変わったりしませんでしたしボックスガチャもありませんでした。貯めて引く意味は時々開催していた限定ガチャ（スピリットシリーズガチャ等）を待つ位ですがそこまでする程でもないし、また基本装備を整える方が先だったのでひたすら職業ガチャを引いてました。
今は引く必要のないガチャの週はスルーして貯めています。昔と違って石が沢山手に入り易いので貯めやすくて良いですね（初期はログボ石すら無かったんですよ？。......確か）。

回答2：今週のガチャラインナップの確認をどうぞ。ゲーム中のガチャ画面からラインナップ画面に飛べます。
防具は欲しい物が決まってるならそれらが含まれているボックスを待った方がいいと思います。そんなボックスガチャが今後出るかはわかりませんが、光リーフ上下ならありそうですね。

回答3：貯めてからでもすぐ引いても、そのガチャから出るものの確率が変わるわけではありません。魔剣ゼクやスサノオが出たのもその方法だからではなく、出たから出たのです。良い悪い・合ってる間違ってるとかは無いので、質問者様がそれで今まで良いものを引いてきたからその方法でいくと言うならそれでいいのではないでしょうか？。他の方の質問へのコメントに「2」に縁があるからそうしているとありましたが、そういうのも案外馬鹿に出来ないものです。
一般的（と思われる）回答としては、
〇他の方の回答にもある様に石ボーナスの恩恵を受けれる分はキープしておく。
〇普段は石を貯めておきコレだ！と思ったガチャやボックスガチャが来たら石を突っ込む
だと思います。

1今と違いボックスやジョブ特化ガチャは無く、シリーズガチャのため不要ならスルー、必要なら回すといった感じでした
2可能です
3たくさん貯めようが5個で回そうが12個で回そうが結果は同じなのでどちらがいいかは立証できません

1.基本は欲しい物がれば課金→出るまでガチャです。
年が明けてからは欲しいガチャが来ないので貯めているという状況ですが。

2.可能ですが光リーフ上下と限定されていますので相当キツいと思います。
また、光闇は4属性と比べて進化･スキル素材が配布されづらい印象があります。せっかくリーフ防具を引き当てたとしてもスキルレベル1、未進化では他の強化済防具の方が強いという結果になりそうです。狙うのはやめておきましょう。

3.ちょっと引っかかるのですが、12個貯めるとは例えとかではなく本当に12個ですか？
ログレスは所持石の数に応じて経験値やレア出現率にボーナスが出ます。特にドロアップボーナスは発生していないとクエストを周回する意味がないレベルです。
できれば35個以上キープしましょう、最低でもドロアップする27個は必ずした方がいいです。

１、はい。貯めてました。
2、可能です。
3、自分の好きな方で大丈夫です。